Pio atya egy azon kevés szentek közül, akik Krisztus szenvedésének a jeleit hordták a testükön, a stigmákat. A köröm-környéki, illetve a lándzsa okozta sebek mellett Szent Pio magán hordozta azokat a sebeket is, amik Jézuson a kereszt cipelése miatt jelentek meg a váll környékén, amiről azért tudunk, mert Jézus felfedte Szent Bernátnak.
