Pio atya egy azon kevés szentek közül, akik Krisztus szenvedésének a jeleit hordták a testükön, a stigmákat. A köröm-környéki, illetve a lándzsa okozta sebek mellett Szent Pio magán hordozta azokat a sebeket is, amik Jézuson a kereszt cipelése miatt jelentek meg a váll környékén, amiről azért tudunk, mert Jézus felfedte Szent Bernátnak.
Pio atya azon kevés szentek egyike, aki testén viselte Krisztus szenvedésének sebeit, a stigmákat. A szögek és a dárda nyomain kívül Pio atya megkapta azt a sebet is, amely Krisztus vállán a kereszthordozás nyomán keletkezett. Senki nem tudott erről az oly fájdalmas csodáról, még Pietrelcinai Modestino testvér, az atya egyik barátja és lelki gyermeke sem, aki a mindennapokban segítette őt. Egy kivétel mégis akadt: az akkor még csak 28 éves Karol Wojtyla.